Par Jean-Christophe Bouchard, avocat, NMW avocats

Pour rappel, en application de l’article R. 196-3 du LPF, en cas de procédure de reprise ou de rectification, un contribuable dispose d’un délai spécial de réclamation égal à celui dont dispose l’administration pour présenter ses propres réclamations. La réclamation ouverte par le délai spécial ne peut toutefois concerner que les impôts et les exercices pour lesquels la procédure de reprise ou de redressement a été engagée. Dans un tel cas, la doctrine administrative énonce que le contribuable peut contester non seulement l’imposition complémentaire, si elle existe, mais également l’imposition primitive même lorsque la procédure de reprise ou de redressement n’a pas donné lieu à l’établissement d’une imposition supplémentaire (BOFIP-BOI-CTX-PREA-10-40, 25 juin 2014, n° 70).

Dans l’affaire ayant donné lieu à l’arrêt commenté, la problématique soumise au Conseil d’Etat était celle de savoir si un contribuable était en droit de présenter une réclamation concernant le crédit d’impôt recherche (CIR) de l’exercice contrôlé alors même que l’administration fiscale avait mis à sa charge des compléments d’impôt sur les sociétés (IS).

Dans cette affaire, la société mère d’un groupe fiscalement intégré avait souscrit en 2007 une déclaration des dépenses éligibles au crédit d’impôt recherche exposées par ses filiales pour un montant de 426 783 euros. Puis elle avait déposé en 2010 et 2011 deux déclarations rectificatives successives portant finalement le montant des dépenses engagées et...