Si l'intérêt du crédit impôt recherche (CIR) est unanimement reconnu par les entreprises, ces dernières se montrent en revanche assez critiques sur la façon dont se déroulent les vérifications effectuées par l'administration fiscale, d'après une étude réalisée par le Medef et le cabinet Arsene Taxand sur le contrôle fiscal. Ainsi, alors que la déclaration de CIR comporte un volet scientifique important, dans près de 25 % des cas, les agents du fisc se sont déclarés compétents pour procéder à la vérification de ce dernier sans recourir à l'assistance d'experts, issus par exemple du ministère de l'Enseignement et de la Recherche.
En outre, lorsqu'un scientifique a été consulté, les répondants n'ont pas pu avoir de débat oral et contradictoire avec ce dernier dans 80 % des cas. Enfin, dans un tiers des cas, d'après les contribuables interrogés, l'administration n'a finalement pas suivi l'avis de l'expert qu'elle avait pourtant elle-même mandaté. L'enjeu de cet examen scientifique est pourtant loin d'être négligeable puisqu'il donne lieu à 35 % des propositions de redressement formulées par l'administration. Et même si des discussions ultérieures permettent en moyenne de diminuer de 10 % le montant demandé par Bercy, le redressement entraîne des difficultés financières majeures pour une entreprise contrôlée sur dix.
